污水处理的排放指标很多，一般工业废水可以参考《污水综合排放标准》(GB8978-1996)；城镇污水处理厂可参考《城镇污水处理厂污水综合排放标准》（GB18918-2002），此外，还有一些工业废水有行业标准。
（1)我国《生活饮用水卫生标准》（GB 5749-85)规定，生活饮用水的生物学指标如下：①细菌总数≤100个／mL;②大肠菌群数≤3个／L(要求每100mL水样不得检出）；③对水源要求，若只经过经简易净化处理（如过滤）和加氯消毒即供生活饮用的水源，大肠菌平均不超过1000个／L;经过常规净化处理（如絮凝、沉淀、过滤）及加氯消毒的水源水，大肠菌平均不超过10000个／L。
（2)2001年版《生活饮用水水质卫生规范》规定，生活饮用水的生物学指标如下：
①细菌总数≤100CFU/mL;②大肠菌群数每100mL水样不得检出；③对水源要求，只经过加氯消毒即供作生活饮用的水源水，每100毫升水样中总大肠菌群MPN值不应超过200;经过净化处理及加氯消毒后供生活饮用的水源水，每100毫升水样中总大肠菌群MPN值不应超过2000.
（3)对于医院污水，《污水综合排放标准》（GB 8978-1996)规定经处理与消毒后应该达到下列要求：
①连续三次各取样500mL进行检验，不得检出肠道致病菌和结核杆菌；②总大肠菌群数不得超过500个／L.如果采用氯化法消毒，应达到如下要求：①综合医院污水及含肠道致病菌污水，接触时间不小于1h,总余量4-5mg/L;②含结核杆菌的医院污水，接触时间不少于1.5h,总余量为6-8mg/L.
（4)根据《污水综合排放标准》（GB 8978-1996)中对部分行业污染物最高允许排放浓度中的规定，肉类联合加工行业所排废水中，大肠菌群数不得超过5000个／L。
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